clear all

useraw=0;

addpath '/u/ryjo/matlab/CSIRO'; 

if useraw
 display(['Loading separate up/down cast CTD']);
 missions = ['2000.056.04/'; '2000.056.05/'; '2000.056.06/'; '2000.056.07/'; '2000.056.09/'];

 [N x] = size(missions);

 for M = 1:N;
  eval(['load ' missions(M,:) 'ctd']);
  if M==1;
   o2=O2; s=S; t=T; ph=pH; Depth=depth;
  else
   o2=[o2;O2]; s=[s;S]; t=[t;T]; ph=[ph;pH]; Depth=[Depth;depth];
  end
 end
 YL = [33.2 34.2]; idx = find(s > YL(2) | s < YL(1)); s(idx)=NaN*idx;
 phL = [min(ph) max(ph)]; idx = find(ph < 7.51); ph(idx)=NaN*idx;
 % o2L = [.7 4.9]; idx = find(o2 > o2L(2) | o2 < o2L(1)); o2(idx)=NaN*idx;
else
 display(['Loading averaged up/down cast CTD']);
 load UD4predict
end

load /u/ryjo/co2/mbay/betaTCO2
load /u/ryjo/co2/mbay/betaTA

TA = betaTA(1) + betaTA(2)*t + betaTA(3)*s + betaTA(4)*o2;
TCO2 = betaTCO2(1) + betaTCO2(2)*t + betaTCO2(3)*s + betaTCO2(4)*o2;

figure(1); clf; paper
subplot(611); plot(Depth,'*'); ylabel('Depth (m)'); 
 set(gca,'ylim',[min(Depth) max(Depth)],'ydir','reverse');
subplot(612); plot(t,'*'); ylabel('temperature'); 
 set(gca,'ylim',[min(t) max(t)]);
subplot(613); plot(s,'*'); ylabel('salinity'); 
 set(gca,'ylim',[min(s) max(s)]);
subplot(614); plot(ph,'*'); ylabel('pH_m'); 
 set(gca,'ylim',[min(ph) max(ph)]);
subplot(615); plot(TCO2,'*'); ylabel('C_T'); 
 set(gca,'ylim',[min(TCO2) max(TCO2)]);
subplot(616); plot(TA,'*'); ylabel('A_T'); 
 set(gca,'ylim',[min(TA) max(TA)]);

save predict t s Depth o2 ph TA TCO2
 
odat = [s t Depth TCO2 TA];
fid = fopen('predict.asc','w');
fprintf(fid,'%10.4f\t%10.4f\t%10.4f\t%10.4f\t%10.4f\n',odat');

return

figure(2); clf; paper
subplot(321); plot(s,TA,'*'); xlabel('salinity'); ylabel('TA');
 axis([min(s) max(s) min(TA) max(TA)]);
subplot(322); plot(s,TCO2,'*'); xlabel('salinity'); ylabel('TCO_2');
 axis([min(s) max(s) min(TCO2) max(TCO2)]);
subplot(323); plot(t,TA,'*'); xlabel('temperature'); ylabel('TA');
 axis([min(t) max(t) min(TA) max(TA)]);
subplot(324); plot(t,TCO2,'*'); xlabel('temperature'); ylabel('TCO_2');
 axis([min(t) max(t) min(TCO2) max(TCO2)]);
subplot(325); plot(o2,TA,'*'); xlabel('oxygen'); ylabel('TA');
 axis([min(o2) max(o2) min(TA) max(TA)]);
subplot(326); plot(o2,TCO2,'*'); xlabel('oxygen'); ylabel('TCO_2');
 axis([min(o2) max(o2) min(TCO2) max(TCO2)]);

frame
t=text(.5,.95,'Predictions from AUV T, S, O2');
set(t,'fontsize',12,'horizontalalignment','center');

